Trong những năm qua, hầu hết các chỉ tiêu môi trường đều đạt kết quả so với kế hoạch đề ra. Là huyện miền núi, không có khu công nghiệp nên các chỉ tiêu môi trường so với TCVN đều đạt. Môi trường nước, không khí, đất đều còn khá tốt.

Khánh Sơn là huyện miền núi, các nhà máy, xí nghiệp, khu công nghiệp chưa phát triển. Do đó, vấn đề cần quan tâm của huyện hiện nay là việc thu gom và xử lý rác thải sinh hoạt. Tại xã Sơn Bình, năm 2014 đã xây dựng mô hình thu gom rác thải sinh hoạt tư quản do nguồn vốn sự nghiệp môi trường cấp, năm 2015 bắt đầu hoạt động tương đối tự quản, đảm bảo tiêu chí môi trường của nông thôn mới. Tuy nhiên hiện nay mới chỉ thu gom được một phần rác thải đem đi xử lý tại bãi rác, một số hộ vẫn đem rác thải ra môi trường. Tuy lượng rác không nhiều chưa gây tình trạng ô nhiễm môi trường nghiêm trọng nhưng về lâu về dài vẫn có thể gây ảnh hưởng đến sức khỏe của mọi người.

Về công tác bảo vệ môi trường trong chăn nuôi. Người dân đã có ý thức dọn vệ sinh chuồng trại hằng ngày để giảm đến mức thấp nhất mùi hôi, ảnh hưởng đến sức khỏe con người. Chất thải chăn nuôi đem ủ để bón cây trồng hoặc sử dụng để xử lý trong hầm Bioga để xử lý phân và cung cấp nguồn nhiên liệu để đun nấu, nước thải dùng để tưới cho cây trồng. Tuy nhiên vẫn còn một số hộ do điều kiện kinh tế khó khăn, chăn nuôi nhỏ lẻ, diện tích hẹp nên còn hiện tượng thải chất thải chăn nuôi ra suối, ao, vườn… gây phát tán mùi hôi gây ảnh hưởng không nhỏ đến sức khỏe và môi trường của các hộ xung quanh.

Việc quản lý về các hoạt động khai thác khoáng sản, nguyên vật liệu xây dựng của huyện thực tế còn gặp nhiều hạn chế vì đây là lĩnh vực tương đối mới. Hiện nay, việc khai thác nguyên vật liệu xây dựng của các tổ chức, cá nhân chưa được quản lý một cách chặt chẽ nên đã gây sạt lở đất, đá, làm ảnh hưởng không nhỏ đến môi trường nước và dòng chảy của các con suối đầu nguồn cũng như sông Tô Hạp.

Hiện nay, các ngành các cấp trên địa bàn huyện đang tăng cường nỗ lực, quyết tâm hết sức để cải thiện và giữ gìn môi trường của huyện.