Khoáng sản trên địa bàn huyện Khánh Sơn chủ yếu là vật liệu xây dựng thông thường như: Cát xây dựng, đất san lấp, đá chẻ và đá xây dựng các loại… với trữ lượng không nhiều, chất lượng khoáng sản tương đối tốt, phân bố nhiều nơi. Theo Quyết định số 25/QĐ-UBND ngày 04/01/2018 của UBND tỉnh Khánh Hòa về Quy hoạch thăm dò, khai thác và sử dụng khoáng sản tỉnh Khánh Hòa giai đoạn 2016-2020 và định hướng đến năm 2030 có tổng diện tích quy hoạch khoáng sản của huyện là 599 ha. Cụ thể có các điểm như sau: Đất san lấp 02 điểm tại xã Ba Cụm Bắc với diện tích 4,0 ha và xã Sơn Trung với diện tích 30 ha; Cát xây dựng quy hoạch dọc sông Tô Hạp với tổng diện tích 220 ha (trải dài từ thị trấn Tô Hạp, xã Sơn Hiệp, xã Sơn Bình, xã Sơn Lâm); đá Granit, andesit xây dựng 03 điểm tại xã Sơn Trung 01 điểm với diện tích 140 ha; xã Ba Cụm Bắc 02 điểm với diện tích 85 ha; đá Ryolit, andesit xây dựng 01 điểm tại thị trấn Tô Hạp với diện tích 120 ha. 

Ngày nay, cùng với tốc độ phát triển kinh tế - xã hội của huyện đang ngày càng tăng, kéo theo nhu cầu về vật liệu xây dựng thông thường phục vụ cho các công trình xây dựng trên địa bàn huyện ngày càng nhiều.

Huyện Khánh Sơn hiện có 02 khu vực được UBND tỉnh Khánh Hòa cấp phép nạo vét, thu hồi cát làm VLXDTT, cụ thể:

+ Khu vực bãi cát thôn HaNit, xã Sơn Lâm được UBND tỉnh Khánh Hòa, cấp phép nạo vét, tận thu cát tại Quyết định số 3460/QĐ-UBND ngày 11/11/2016 cho Doanh nghiệp Tư nhân Phúc Nghĩa có địa chỉ tại phường Cam Nghĩa, TP Cam Ranh. Diện tích khu vực khai thác 0,63ha, sản lượng nạo vét 9.450 m³, công suất 4.725 m³/năm, độ sâu nạo vét l,5m, thời hạn 02 năm, từ ngày 11/11/2016 đến ngày 11/11/2018.

+ Khu vực bãi cát thôn Liên Hòa, xã Sơn Bình đã được UBND tỉnh Khánh Hòa cấp Giấy phép số 2789/GP-UBND ngày 20/10/2014 cho DNTN Phương Đài có địa chỉ tại đường Lạc Long Quân, tổ dân phố Hạp Phú, thị trấn Tô Hạp, huyện Khánh Sơn. Hoạt động khai thác, tận thu cát có thời hạn 3 năm, đến hết ngày 20/10/2017. Đến nay, DNTN Phương Đài đã được UBND tỉnh cho phép gia hạn khai thác khoáng sản tại Văn bản số 1013/UBND-KT ngày 29/01/2018. Diện tích khu vực khai thác là 2,3ha, khối lượng nạo vét thu hồi là 15.000 m³, độ sâu nạo vét trung bình < 0,1 m, công suất nạo vét 7.500 m³/năm, thời hạn 2 năm, đến ngày 29/01/2020.

Tuy nhiên, hiện tượng khai thác khoáng sản trái phép theo hướng nhỏ lẻ vẫn còn diễn ra. Một số tổ chức, cá nhân đã tự ý mua sắm các loại xe máy cày, máy kéo, có cả máy múc đưa vào hoạt động khai thác khoáng sản. Các đối tượng thường khai thác vào các ngày thứ bảy, chủ nhật, ngày nghỉ, lễ tết ở dọc bãi bờ sông, suối có nhiều cát, đá gần khu vực sản xuất nông nghiệp gây sạt lở đất đai của người dân, gây thất thoát tài nguyên khoáng sản, ảnh hưởng an ninh trật tự xã hội xung quanh khu vực có khoáng sản. Đây là những thách thức trong thời gian tới đòi hỏi sự vào cuộc của các cấp, các ngành trong công tác quản lý tài nguyên khoáng sản trên địa bàn huyện.